Nuestra organización surge desde una profunda necesidad de participar en la contingencia nacional, contribuyendo a la discusión y la toma de decisiones sobre el patrimonio cultural y arqueológico en nuestro país. Asociados hasta entonces en sociedades científicas y académicas, resultaba prioritario generar una institucionalidad que permitiera aunar criterios y levantar la voz en torno a la protección, educación, administración público/privada del patrimonio arqueológico en Chile.
El hecho que concretó esta inquietud de participación y opinión fue el asesinato del comunero mapuche Jaime Mendoza Collío a manos de un efectivo de carabineros el año 2009. Ante tal ejercicio de violencia estatal contra un ciudadano, y específicamente contra el pueblo mapuche, 88 arqueólogos independientes indignados redactaron una carta dirigida a la entonces Presidenta de la República, Michelle Bachelet. Este repudiable hecho, sumado a una cadena de experiencias previas suscitadas por la arqueología de contrata, fueron factores decisivos para que cuarenta arqueólogos de todo Chile formaran esta organización, esperando con ello tener una voz real en la sociedad chilena contemporánea. Fue así como el 26 de diciembre de 2009 nace el Colegio de Arqueólogos de Chile.